在鼠疫爆发的第一个星期，庞宪每次一想到鼠疫，就感到轻微的晕眩，而且晕眩最近越发的有增无减。他终于意识到自己是在害怕。他每次害怕的时候，都会走进总督府对面没有几个人的咖啡店。医生也和其他人一样，感到需要人间的温暖。
他明白这样做很愚蠢，即使是穿着防护服，也不是百分之百的保险。但这毕竟促使他想起他曾经安逸宁静的生活。这段日子，他用了很多的法子，各种去瘟清热的各种中草药都没有任何效果，他的内心已经绝望了。
傍晚，瑞贝卡发现丈夫庞宪疲惫的坐在他餐厅里的饭桌前。她一走进去便看见桌上放了一本摊开的《本草纲目》还有一些其他的医书，她知道丈夫正承受着巨大的压力。但黄昏已尽，在逐渐加深的黑暗中看书恐怕是很困难的。片刻之前，在暮色朦胧中，他更可能是坐在桌边沉思。
庞宪勉强露出一个笑容，柔声问妻子身体如何，瑞贝卡知道他担心什么，她一边坐下，一边咕哝说她和孩子身体不错，现在她带着孩子待在家里哪里都不会出去，让他安心。相比自己和孩子，瑞贝卡更担心自己的丈夫，毕竟他天天需要和病人打交道，万一他也染病了，瑞贝卡不敢想象失去丈夫的日子，自己将如何度过？
想到这些，妻子忍不住啜泣起来。庞宪无奈，他想不出什么办法安慰妻子，便把她搂在怀里，轻轻的拍着她的后背。夕阳已下，房间越来越暗了。地处近郊区的这条大街逐渐热闹起来。外面，一阵低沉而欣慰的欢呼正在迎接华灯初放的那一刻。庞宪一愣，这座城市不是已经戒严了吗？怎么还会有这么多人在街上？
于是，他走到阳台上，瑞贝卡也跟着他走出来。和城里过去每个平常的夜晚一样，阵阵微风从周围的街区吹来人们的喃喃细语和烤肉的香味，吵闹的年轻人涌上街头，大街上渐渐响起充满晚间自由芬芳气息的欢快的嗡嗡声。
黑夜里，传来看不见的轮船的汽笛长鸣，还有大海潮涌和流动人潮的喧哗声，过去他多么熟悉和喜爱这个时刻，可现在不一样。他了解疫情的严重性，知道的那一切，这一刻似乎已使人透不过气来。
看到这一幕，他顿时勃然大怒。立刻拔通了总督府的电话，质问警察总长王崇古：“为什么没有严格执行戒严制度，而且怎么航道又开放了！王总长，你这样做是失职，我要向总督弹劾你！”
“庞太医，对不起！今天是皇上的诞辰日，有些年轻人不听劝告，私自跑到海边烧烤。我已经派巡警前去劝告和疏散了。”王崇古在电话那头赶紧解释，“另外，运河航道并没有开通，大明本土前来支援的船到了，还有，告诉您一个好消息，卫生部长李太医来了！”
“真的吗？这太好了！“自己的师傅李时珍来了，庞宪转怒为喜，匆匆挂掉电话，赶紧换了一身衣服，又叮嘱了妻子几句，”瑞贝卡，我师傅来了，他医术高明。这里的老百姓有救了！我马上过去。你在家里别出去，有事就打我的电话。”最后轻轻的抱抱自己的妻子，这才匆匆的赶往与仁和医院。
到了城中心，大街上的人已不如先前拥挤，灯光就更稀少了。只有几个孩子还在大门口的路灯下玩耍。庞宪心念一动，便把汽车停在一群玩耍的孩子面前，摇开玻璃车窗问道：“喂？小朋友，你们是谁家的孩子？怎么不回家？不知道现在戒严了吗？”
孩子们停下玩跳房子游戏。其中有一个孩子黑头发梳得很平整，头路也分明，就是小脸很脏，他用明亮的眼睛吓唬人似的盯着庞宪，反问道：“先生，您也是这家医院的医生吗？我爹娘都也是，我已经好几天没见过他们了。城里的人都在谈论瘟疫，我一个人待在家里很害怕，我想进去找妈妈。真有瘟疫吗，大夫？”
“是的，孩子们，现在你们不能待在外面。外面很危险！”庞宪一边温言劝道，一边招呼那几个孩子上车，“来，我是这家医院的院长，你们都上车。待会儿我让你们的爸爸妈妈见见你们。”
孩子们欢呼一声，赶紧上了车，那个小男孩上车时还不忘说声谢谢院长。庞宪鼻子酸酸的，有种想要哭的感觉。这些日子来，很多医务工作者很多天都没有回家了，尤其是父母都是医务工作者的人。孩子们长期见不到父母很担心，这很正常，自己竟然如此粗心大意，没有想到这一点，替他那些奋战在第一线的手下，解决后顾之忧。
他为自己的失职感到内疚。回到办公室，他立刻叫来秘书，让他在医院里找了一个安全的地方，把这些孩子们安置下来，并派专人照看，可不能这些孩子们再这样在外面下去了。
师徒俩已经七年没有见面了，千言万语都在心中积聚了很多。但李时珍和庞宪根本来不及感慨，就马上投入了防疫工作之中。李时珍对着与会的人员说：“我刚才看了你们所有的病案记录，情况比我们想象的更加严重啊！这是一种烈性传染病。已经是最可怕的败血症鼠疫了，死亡率非常的高。这次我们带来的一种新药，名叫磺胺，去年奴尔干都司爆发过肺鼠疫，这种药品治疗效果非常好。“
说到这里，他犹豫了一下，还是坦率的说道：”不过，我们还不敢肯定磺胺能不能治疗败血鼠疫。皇上下了旨，让我把国内所有的库存都带来了，让我们不惜一切代价也要保住老百姓的性命。另外皇上还派来了太医院最好的传染病学家，我们必须尽快开发疫苗来，因此所有相关的设备，我们也带来了。在没有有效的治疗手段前，防疫工作一定要落实到实处。“说到这里，主持会议的李时珍转过头问庞宪，”对了，隔离病房有多少个床位？”
“三百八十个。”庞宪答。
李时珍皱着眉头说道：“世严（庞宪字），城内肯定不止三百八十个病人吧？这可是将近四十万人口的大城市呀。”
“的确不止，有些人现在安置在普通病房，但是我们严格按照隔离病房的标准执行防疫政策。我们现在人手不够。最让人头痛的就是有些人害怕，大多数是宁愿隐瞒，也不愿意向衙门申报，他们害怕隔离。”庞宪回答。
“这可不行！必须挨家挨户清查。”李时珍强调，他又问，“丧葬是否受到监督？尸体必须焚化。”
“我已经强调过多次了，但是没有人认真执行。”提起这个，庞宪就很恼火，他愤愤不平的说，“我曾打电话告诉警察总长王崇古，防疫措施必须是全面的，而不是光说空话。有些老百姓观念陈旧，不愿意烧掉自己亲人的尸体，甚至有过激的行为。王总长压力也很大，他不想激起民变。可焚烧尸体，这是迫不得已的办法。我们应当筑起一道真正的屏障防止瘟疫，要不就什么也别干。更可恶的是，还有些官员这个时候还想表现自己那些可笑的同情心，思想上不重视。不认真贯彻执行，因此漏洞不少！”
“王崇古？难道他也这样想！那他怎么说？”
“他说了也不算，很多时候他也无能为力。“庞宪无奈的摇摇头，解释说，”参与防疫的官员来自于各个部门，并不是一个系统的，相互之间没有从属关系，有时候防疫指挥部的人说话不好使。依我看，巴拿马总督府辖区必须全面实行军管，否则再这样下去，感染的人数马上会上升，现在又没有很有效的医疗手段，死的人会很多。“
略一顿，庞宪继续说道：”据说，西班牙殖民地已经死了十几万人了。倭人和朝鲜人的领地也好不到哪里去，很多人都往我们这里跑，这些人里面有很多被感染者，必须采取断然措施，把难民隔离起来。我建议所有的政府工作人员分为几个工作组，分片包干，落实到人。哪地方出了问题，主管的官员就地免职。”
“就按你的意思办！太医院研究发现：老鼠在流动中传布成千上万只跳蚤。如果不及时制止，那些跳蚤会以飞快的速度传染疾病。因此还要加强灭鼠，灭跳蚤的工作。“李时珍严肃地说，”皇上已经做出了指示，一切以救人为主。这次我带来了圣旨，由本人担任钦差大臣，全面接管防疫抗疫工作。下面诸位按旨吧！”
不一会儿，包括总督朱翊淦在内，巴拿马总督府所有的主政官员都赶到了医院。一位级别不低的太监拿出来皇帝的圣旨，与会的官员纷纷拜倒在地。这名秉笔太监开始大声宣读圣旨：“奉天承运，皇帝诏曰，朕惊闻巴拿马总督府辖区鼠疫肆虐，昧旦晨兴……”
……
这段时间，天气似乎稳定下来了。太阳已把最后几次大雨留下的水洼吸干。蔚蓝的天空射出一道金黄色的光，在初起的热浪里传来柴油机的轰鸣声，这样的季节，一切都趋向宁静。
然而，在医疗队抵达的四天之内，正好迎来了病情发作的爆发期。高烧病却接连飞跃四次：三十六例死亡、四十四例、五十八例、六十二例……在第四天，由一所军营改建的辅助医院宣布接收病人。鼠疫爆发之前，一直爱以开玩笑来掩盖忧虑的这些来自广东和福建的大明移民，如今在大街上显得比以前沮丧和沉默了。
疫情愈发的严重，新的传播的源途也被发现了，难民营成了一个重灾区，而且还有源源不断的难民朝巴拿马逃来，边际上已经不堪重负。李时珍和庞宪决定给总督朱翊淦打电话。
李时珍说：“殿下，目前的措施是很不够的。尤其是边境从国外逃过来的难民很多，这非常危险！我们根本就没有办法接收这么多难民，这已经超出了我们的医疗能力。殿下，不能再这样下去了！必须关闭所有入境的通道。”
“我明白，我刚刚拿到边境上传过来的统计数字，”朱翊淦说，“情况的确使人忧虑。边境上已经挤满了人，即使是开枪也无法阻止这些难民，很多人穿过原始雨林，从一些小路偷渡过来，防不胜防啊！这更加加快了鼠疫的传播速度。”
“殿下，这岂止使人忧虑，那些数字太说明问题了。恐怕您要调动海军陆战队了，根据锦衣卫的情报，整个南美，尤其是西班牙和葡萄牙的殖民地情况非常严重。大批的难民涌向巴拿马，再这样下去，我们的情况也会很难收拾。海上也要封锁，避免难民偷渡。“
说到这里，李时珍愤怒的说道，”我们已经给了这些邻国必要的帮助，还提供了大批的医疗物资。倭人和朝鲜人情况还好一点，至少还在向我们学。可这些欧洲的王八蛋自私自利，只顾他们那些贵族。还拿着宝贵的磺胺药品趁机牟利，倒卖到了欧洲。这些西班牙殖民者根本不顾印第安人的死活，殿下，这里面绝对有阴谋！”平时温文尔雅的李时珍，忍不住破口大骂。
“明白了，“朱翊淦沉默了一下，最后还是下决心说，”本王马上去要求南美舰队司令杨博全面封锁。必要时，可以直接击沉……现在顾不得这么多了，别人家里的事，我们现在顾不过来。咱们巴拿马先保咱们老百姓吧。你们放心，本王会采取断然措施的，至于这个骂名，就由本王来担当吧。”
听到这话，李时珍和庞宪都陷入了沉默。一个小时后，南美舰队司令部接到总督电报：“宣布进入鼠疫状态。关闭所有城市，任何国外船只不得靠近海岸，不听劝告者，可以执行断然措施。”
南美舰队司令员杨博早已经知道了问题的严重性，也知道了西班牙人龌龊的行为。他接过电报以后，没有犹豫。立刻一把火烧掉。他命令所有的将官：“现在我命令：全面封锁所有海域，任何未经通报的国外船只不得靠近海岸线二十海里之内。不听劝告，海军可以将其击沉。海军陆战队加强在边境的巡视，任何敢于偷渡边境者，直接……消灭，焚化尸体……如果将来有人弹劾，责任由本帅承担。”
一声令下，所有的军队开出了军营，所有的陆战队奔赴边境加强管控。军舰也开始出港，在海上巡逻。整个南美舰队行动起来了，六天后，一支有六艘鲨鱼级巡洋舰组成的大明舰队直接逼到西班牙总督府所在地波哥大。
大明舰队二话不说，直接冲进了港口，击沉了西班牙人的旗舰，逼降了西班牙驻军。在二百五十四口径巨炮的威胁下，西班牙南美地区总督弗朗西斯科·哈维尔·德·埃利奥向大明舰队承诺：立即救灾，同时加强边境管控。