这天的早晨，小智一行人正在沙滩上进行晨练。
小刚道：“哎？大家看那边！”
小智三人抬起了头，顺着小刚所指的方向看去，只见一个人穿着人字拖鞋，白大褂加短裤的装扮，整个人贴在崖壁上。
小智道：“这不是小田卷博士吗？”
小智没有看错，小田卷博士本来就是那种注重野外研究的博士，所以在这里看到小田卷博士，小智也不意外。
小田卷博士趴在崖壁上，是要观察野生长翅鸥的巢。
“原来里面的结构是这样的啊！”一只长翅鸥回家却见到一个人正在摆弄自己的巢，生气的用喙猛啄小田卷博士。
“比雕去救小田卷博士！”
比雕接住了下落的小田卷博士，小智一行人才赶到，幸好赶上了！
小田卷博士道：“这只比雕是小智的吗？又被你救了一次！”
小智道：“小田卷博士你没事就好！”
众人坐在海边的石头上聊起了天，小田卷博士道：“小刚，你能平安与小智会合真是太好了！”
小刚道：“当时多谢您的照顾了！对了，小田卷博士来武斗岛做什么呢？”
小田卷博士道：“其实我一直有个心愿，想要观察武斗岛的宝可梦。比如说，你们看这个附近的长翅鸥的像这个样子在陡峭的悬崖上筑巢。”
小遥道：“可是小田卷博士像你这样爬上去也太冒险了吧！”
小胜打断小遥的话：“姐姐，你到底在说什么啊！在野外研究宝可梦的领域里，小田卷博士可是个大名人！他这个人好厉害的！为了见宝可梦一面，天大的困难也不怕。不管什么地方都敢去探险！”
小遥道：“是这样吗？”
小田卷博士笑道：“谢谢，很荣幸能得到小胜这么棒的夸奖。小智你们怎么还在武斗岛，我还以为你们都差不多通过凯那市了！”
小智道：“武斗岛很适合做修行，最主要的原因还是小遥，小遥想要参加凯那市即将举办的华丽大赛。”
小田卷博士道：“小遥想成为协调训练家吗？这挺适合小遥的。你爸妈要是知道也会开心的。”
小遥害羞道：“我也还在练习啦！多亏了小智他们的帮忙，现在终于有点成果了。”
一架有火岩队标志的红色直升机，降落在悬崖顶，直升机上下来一群身穿红色制服的人，他们都是火岩队的人。与此同时，海面上出现了一艘水舰队的潜水艇。火岩队与水舰队都陆续进入了武斗岛。
小智一行人寻找今天能做休息的地方，他们在一个山洞前石头上看见了一个低落的男孩，小胜上前问道：“你是武斗岛的人吗？你为什么会在这里呢？”
男孩红着眼睛道：“我叫和辉，大哥哥你是宝可梦训练家吧，能不能请你就回我的土居忍士。”和辉看向了小智与皮卡丘。
众人上前都听到了和辉的话，小遥道：“你的土居忍士是不是被一男一女还有一只会说话的喵喵抓了？”
和辉道：“就是他们。”
小胜道：“怎么又是那三个笨蛋啊！”
小智道：“和辉，你放心，我们会帮你把你的土居忍士救回来。”
与此同时的和辉建立的秘密基地中，火箭队三人打了一个大大的喷嚏。突然，秘密基地的门被人撞开，就是身穿火岩队制服的人，火箭队三人打不过他们派出的大狼犬，只能先逃了！
小智一行人跟着和辉来到他的秘密基地前，只见门是开着的，而里面被破坏的很彻底，还有一条不知道延伸到哪里的隧道。小智道：“先等等，里面不太对！”
小刚问道：“小智怎么了吗？”
小智道：“有危险的感觉！”
和辉担心道：“我的土居忍士会不会有事啊！”
小智道：“放心，大家都跟在我的后面。”
小智领头，走了一会儿就来到了一个空间很大的地方，这里矗立着一个巨大的石头雕刻成的建筑前。小智示意大家放轻声音，躲在了一块巨大石头的后面。
他们能清晰听到一个男人的声音：“原来是在这个地方！唤醒的小庙！好，各队开始做确认冲入的准备！”