秦始皇巡游、秦始皇东巡、徐福东渡从齐燕来的儒生方士们把儒家的“封禅”也作了改头换面的修改了一遍，盛传自古帝王莫不举行封禅典礼。
始皇帝二十七年（公元前219年）至始皇帝三十二年（公元前215年），秦始皇连续到东方沿海，江淮流域以及北边等地巡游，所到之处，无不刻石颂其功德。
到了统治后期，秦始皇迷恋长生不死之术，笃信命数。又说海上有蓬莱、方丈、瀛洲三岛，是神仙居住的地方，有“不死之药”，服后便可“长生不老”。
秦始皇想成为“长生不老”的神仙。有些怪迂苟合之徒，如卢生、韩终、徐福、侯生，都投奔秦朝。
卢生劝说秦始皇道：“我们寻找灵芝、奇药和仙人一直找不到，一定是有什么东西与它们相克。我们建议您要不时秘密出行，来驱逐恶鬼。恶鬼避开了，神仙真人才会来到。您居住的地方如果让臣子们知道，就会妨害与神仙交往，希望您所住的宫室不要让别人知道。这样，不死之药或许能够得到。”
秦始皇就对外宣称说：“我慕神仙真人，我自己就叫‘真人’，不再称‘朕’了。”
他还下令咸阳附近二百里内的二百七十座宫观都用天桥、甬道相互连接起来，把帷帐、钟鼓和美人都安置在里边，全部按照所登记的位置不得移动。
皇帝所到的地方，如果有人说出去，就判死罪。 徐福等人入海寻找仙药，花费了很多时间和钱财也没找到。他害怕遭受责罚，就欺骗秦始皇说：称海中有三神山。但我们时常被大鲨鱼困扰，所以无法到达。希望皇上派善射之人一起前往，遇到大鲨鱼就用连发的弓弩射它。”
恰巧秦始皇做梦与海神交战，海神的形状与人形相似。占梦的博士说：“水神本来是看不到的，他用大鱼蛟龙做侦探。现在皇上的祭祀周到而恭敬，却出现这种恶神，只有把它除掉才能找到真正的善神。”
于是秦始皇命令入海的人携带捕大鱼的工具，亲自带着弓弩去射杀了一条大鱼。 秦始皇派他带领三千童男童女，乘楼船入海求仙山，后不知所终，或许是遇海难，或许是漂到某海岛定居，后者可能性更大，民间传说是到日本去了。 ]
焚书坑儒
始皇帝三十二年（公元前215年），秦始皇又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹，后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药。
对于秦始皇这种行为，也有儒生表示劝谏的，博士齐人淳于越建议始皇仍实行分封宗室子弟为诸侯的政策，始皇交给臣下讨论。丞相李斯反对。
李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚书禁书，规定史书非秦纪皆烧之；非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者，悉诣守、尉杂烧之；有敢偶语《诗》、《书》者，弃市；以古非今者，族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。准保存者，医药卜筮种树之书。若愿学法令，则以吏为师。始皇心里已感到受骗，于是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。有人认为《史记》记载秦始皇坑杀的乃是术士， ]并不是儒生，但根据《史记·秦始皇本纪》记载秦始皇坑杀的人“皆诵法孔子”。
沙丘之变
秦王政三十七年（公元前210年），秦始皇死于他第五次东巡途中的沙丘宫（今河北省邢台市广宗县）。
秦始皇死后，赵高采取了说服胡亥威胁李斯的手段，二人在沙丘宫经过一番密谋，假造秦始皇发布诏书，由胡亥继承皇位，还以秦始皇的名义指责扶苏为子不孝、蒙恬为臣不忠，逼迫他们自杀，不得违抗。
在得到扶苏自杀的确切消息后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。为了继续欺骗臣民，车队不敢捷径回咸阳，而是摆出继续出巡的架势，绕道回咸阳。由于暑天高温，秦始皇的尸体已经腐烂发臭。为遮人耳目，胡亥一行命人买了许多“鲍鱼”装在车上，“鲍鱼”的味道掩盖了尸体的腐臭味，迷惑了大家。
回到咸阳后，胡亥继位，是为秦二世，赵高任郎中令，李斯依旧做丞相，但是朝廷的大权实际上落到了赵高手中。赵高阴谋得逞以后，开始对身边的人下毒手。他布下陷阱，把李斯逐步逼上死路，李斯发觉赵高阴谋后，就上书告发赵高。
秦二世胡亥不仅偏袒赵高，并且将李斯治罪，最后将李斯腰斩于咸阳。赵高升任丞相，由于他可以出入宫禁，特称“中丞相”。
首称皇帝
秦始皇之前的各国诸侯都被称为“君”或“王”。战国后期，秦国与齐国曾一度称“帝”，不过这一称号在当时并不同行。
一统天下的秦始皇，以为这些称号都不足显示自己的尊崇，于是下令大臣议称号。 经过一番议论，丞相王绾、御史大夫冯劫、廷尉李斯等人认为，秦王政“兴义兵，诛残贼，平定天下”，功绩“自上古以来未尝有，五帝所不及”。他们援引传统的尊称，说“古有天皇，有地皇，有泰皇，泰皇最贵”，建议秦王政采用“泰皇”头衔。 然而，秦始皇对此并不满意。他只采用一个“皇”字，因有“三皇五帝”而在其下加一“帝”字，创造出“皇帝”称号。 从此以后，“皇帝”就成为中国封建社会最高统治者的称谓。为了使皇帝的地位神圣化，秦始皇又采取了一系列“尊君”的措施：首先取消谥法。
谥法起于周初，是在君王死后，依其生平事迹，给予带有评价性质的称号。但秦始皇认为，像这样“子议父，臣议君”，太不像话，更没意义。他宣布废除谥法，不准后代臣子评价自己。 其次天子自称曰“朕”。“朕”字的意义与“我”相同，以前一般人也可以使用，但秦始皇限定只有皇帝才能自称为“朕”。
皇帝的命令叫作“制”或“诏”（命曰制，令曰诏，盖二者效令不同也）。 第三，文字中不准提及皇帝的名字，要避讳。文件上逢“皇帝”“始皇帝”等字句时，都要另起一行顶格书写。最后，只限皇帝使用的、以玉质雕刻的大印才能称为“玺”。
中央集权
秦始皇建立了中央集权制度和政权机构。中央设丞相、太尉、御史大夫。丞相有左右二员，是百官之首，掌政事。太尉掌军事，不常置。
御史大夫是丞相的副贰，掌监察百官。丞相、太尉、御史大夫以下，是分掌具体政务的诸卿，其中有掌宫殿掖门户的郎中令，掌宫门卫屯兵的卫尉，掌京畿警卫的中尉，掌刑辟的廷尉，掌谷货的治粟内史，掌山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的少府，掌治宫室的将作少府，掌国内民族事务和外事的典客，掌宗庙礼仪的奉常，掌皇室属籍的宗正，掌舆马的太仆等。丞相、太尉、御史大夫与诸卿议论政务，皇帝作裁决。在此之外，秦代还有一些比较重要的官职，比如博士—“掌通古今”，即通晓古今史以备皇帝咨询，同时负责图书收藏；
典属国——与典客一样主管少数民族事务，不同的是典客掌管与秦友好的少数民族的交往，而典属国则负责已投降秦朝的少数民族；
詹事——管理皇后和太子的事务。秦王朝建立的这套中央集权机构的政权机构，以后一直被历代王朝所仿效。
地方机构
秦始皇灭六国后，采纳李斯的建议，废除分封制，改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监掌监察事宜。秦始皇把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十一郡。
县，万户以上者设令（县令），万户以下者设长（县长）。县令、县长领有县丞、县尉及其他属员。县令、县长主要管政务，县尉掌握军事，县丞掌管司法。
县以下设乡，其主要职能有四：1摊派徭役；2征收田赋；3查证本乡被告案情；4参与对国家仓库粮食的保管工作。乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。乡下设里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。
里中设置严密的什伍户籍组织，以便支派差役，收纳赋税。并规定互相监督告奸，一人犯罪，邻里连坐。此外还有掌管治安、盗贼的专门机构，叫做亭，亭设亭长。亭除了主要管理治安，还负责接待往来的官吏，掌管为政府输送、采购、传递（文书）等事。
军事统一
六国韩国的实力在六国中最弱，但地理位置却是秦国统一道路的最大障碍，秦始皇首选的攻击目标为韩国。
始皇帝十六年（公元前231年），韩国南阳郡“假守”（即代理郡守）内史腾，向秦献出他所管辖的属地。内史腾被秦王政任命为内史，后又派他率军进攻韩国。
内史腾于始皇帝十七年（公元前230年）俘获韩王安，韩国灭亡。
始皇帝十八年（公元前229年），秦始皇派王翦领兵攻赵。赵国派李牧、司马尚率兵抵御。王翦用重金收买了赵王的宠臣郭开，要他散布李牧、司马尚企图谋反的流言。赵王轻信谣言，派赵葱和颜聚替代李牧，此后李牧被杀害。
秦王政十九年（公元前228年），秦军攻破邯郸。 不久，出逃的赵王迁被迫降秦，赵国实际上灭亡了。 但是公子嘉却带着一伙人逃到代郡（河北蔚县），自立为王。
后秦军在始皇帝二十五年（公元前222年）灭燕国之后将其俘虏。